远缘嫁接是指不同科属植物之间的嫁接，在常规的条件下不同科属间的嫁接往往成活率不高，但在计算机控制创造适宜的环境条件下，不同科属之间常常具有较强的愈合率，可以形成连通的维管束，构建不同科属连理植株，有些可以正常完成发育，有些有较长时间的共生期，这与用于嫁接材料的不同的品种特性及亲缘远近相关。
    嫁接后能完成正常生长发育的可以用于生产，如具一定时间共存期的可以用于育种的蒙导，如小麦嫁接于黑土豆，通过愈合发育后，有较长时期的共存期，虽然不能正常生长完成整个生活史，但经由土豆蒙导的小麦即发性较大的变异率，培育出黑色小麦。如绿豆嫁接于红薯，经由红薯的蒙导培育出抗旱高产的绿豆新品种。这些不同科属之间的嫁接在育种上称之为无性育种，由砧木蒙导接生穗而产生变异，扩大基因突变频率，为选育新品种提供选择条件。
    物种之间的嫁接是普遍存在的现象，从量子角度说，生物的进化过程很大方面是因物种的聚集而进化，在聚集过程中实现基因的转移，或者在聚集过程中激发变异，如粘菌聚集而成真菌，真菌聚集而成地衣，地衣聚集而成蕨类。嫁接就是不同生物之间的聚集现象，从跨界的角度来说，动物界与植物界之间的聚集转移也常有发生，当前地球上还有些动物体内细胞含有具光合作用的叶绿素细胞，并成为稳定的基因遗传；低等的生物如细菌真菌或类生物病毒之间更易实现这种聚集后的性状转移，从某种角度来说，低等生物在进化为高等生物的过程中很大程度是因聚集（也可以叫生物嫁接）而进化。
    科属种的林奈分类法，就是因进化的亲缘远近及植物形态的相似度而进行区分种属科。同种种科同属间，相似度大，亲缘近，重合的基因率高，所以在嫁接愈合过程中细胞融合完成整体发育的机率就高。在嫁接过程中首先是切口细胞的脱分化，尔后随着不断的发育形成维管束连通接穗与砧木，形成完整的个体，在这个程中，砧木的生理生化特性会影响接穗，接穗的特性会影响砧木，育种就是根据该原理，实现植物体生理生化微环境的变化，从而导致促进细胞的变异，为遗传的稳定奠定基础，从而培育出新品种。如烟草嫁接于番茄后，尼古丁的含量锐减，或者烟草嫁接于土豆后，在烟草上可检测到龙葵素的存在，这种相互影响用于嫁接果树可以改良品质或者提高抗性。
    在观光农业的应用上，可以把一些亲缘关系较远的植物进行嫁接，培育出新奇的新植物，既具观光又具科普价值，可以在各现代农业科技观光园中得以应用。

番茄土豆

番茄茄子