高密度的工厂化养鱼，最重要的技术环节与技术指标都是有关水的处理，它是实现高密度高产化养殖取得良好效果的关键。特别是闭锁型的生态系统，在水量有限的情况下，就必须发挥水的自净功能来实现循环水的高效利用，以达到水资源节约化的目的。只有实现水的高度自洁与高效生物转化才能为鱼的生长创造最优的仿自然生态，才能让鱼在高密度情况下不会产生铵盐中素与氧气的缺乏，以实现鱼菜间的循环与永续耕作。而过滤及硝化是结合了固态的物理清除法与微生物的化学转换法，把水体中的有机物分解转化为无害化并能为植物吸收的离子，以形成鱼菜生长两不误，鱼菜共存的良好生态链，达到生物能源的最大转化率与太阳能源的最大化固定，达到最佳的生物效率与能源资源利用率。
而高密度养鱼的水质维持是成败的关键，也是达到高饲料转化率的基础，所以清澈的水质必须基于良好的过滤与微生物的作用和硝化。目前用于物理过滤的材料较多，但生长上获取较为方便的还是石砾与陶粒，其中石砾较为方便实用，是常用的硝化桶与硝化床的填育材料，也是定植栽培植物的良好基质，具有过滤堵塞程度轻，反冲洗方便的优点，也具有空隙大氧气充足适应栽培植物范围广的优势。
循环水通流动的过滤桶或者床后，可以让一些固态颗粒得以滤除，同时也起到流动增氧与微生物分解转化的生物滤除作用。在氧气充足的砾质床上可以让好氧的硝化菌得以大量的滋生繁殖，对于氨的转换起到了关键的调节控制作用。所以一个良好的滤床硝化系统是维持水质不超标，保持洁净清澈的前提，是鱼菜共生的关键，获取高生物转化率的基础。以下是系统构建科学合理情况下所维持的洁净化水质，可以见底，可以清晰地见到鱼的活动，这是鱼菜系统达到最优化的标志。