土壤种植果树根系的修剪一般通过挖掘断根的方式进行，一般结合深翻施肥完成，而水气培果树的根系修剪可以直接进行裸根修剪。根系是果树吸收肥水及固定支撑的重要器官，在水气培环境下，根系的固定支撑功能退化，无需发达的粗壮的支持根发育，水气培环境下形成的根系统，大多为不定根根系，而且以吸收效率较高的细根根系为主。这此细根根系（直径小于2毫米）是吸收肥水的主要器官，而且在气雾环境下，细根的超常规发育，形成数倍于土壤栽培的吸收表面积，根系的活力活性都强于土壤栽培，为果树水气培的快速生长奠定基础。但细根根系的寿命往往较短，在生长过程中不断的进行更替生长，当庞大的细根根系形成时，往往随着死亡的更替周转，根坨的内部根系由受外层根的包裹而肥水吸收受制限，对根系进行适当的稀疏短截，有利于新根的刺激生长，对于提高根活力及促进地上叶片的光合更为有利。
    对水气培果树进行春季修剪对于当年强大根系活力的建设极为有利，因为春季修剪根系的修复及更替生长能力强于其它季节，而且春季修剪后经过近一个月构系重构，正遇生长旺盛的5-6月份，为该季节树体的快速生长及叶片光合的高效化运行奠定基础。水气培果树大多以不定根的细根根构型为主，表面积大但干物质少，是活力型根系，可以进行较大程度的修剪，对树体生长影响较少，不像土壤栽培，如进行根系重度损伤修剪会影响当年树体的生长发育，水气培果树根重度修剪具强大的修复能力，对树体发育影响不大，而通过修剪刺激生长可以形成活力更强的细根根系。所以水气培根系修剪的重度可达50%-75%。一是可以清理腾出根雾空间，二是重构的根系活力活性更强，更利于矿质元素均衡吸收，特别是对钾与钙的吸收比不修剪的更具增益作用。

    通过修剪促发大量新生细根，使根系合成激素能力增强，又对地上发育起到促进与增益作用，形成根与枝叶间相辅相承的新平衡，长期不修剪的根系，会出现大量根系木栓化与木质化，影响树体后期的生长发育。
    另外根系修剪对于果树的种植，让树体实现自然矮化，更利于果树的发育，使树冠形更利于通风透光，有利于品质提升。根修剪一般采用短截法，对于根坨紧密的影响内部根肥水吸收的可以结合疏截结合的方式修剪。根系修剪可一年四季进行，但以早春修剪对新根催生的效果最为明显，一般生长过旺，营养生长与生殖生长失衡的树可以于生长旺盛季节修剪，以利于树势的中庸化调控，根系修剪比枝的修剪更省事，通过根修剪可以轻松实现树体的整体调控，科学应用得当可以大大降低枝修剪的工作量。根系修剪是水气培果树特有的技术，是调控果树生长的重要技术手段。

修剪后10天于根坨即生长出洁白的新根